ATLAS Biolabs beteiligt sich am Bioinformatik-Projekt NGSgoesHPC des BMBF
Moderne Sequenziertechnologien gestatten die Entschlüsselung des Genoms in immer kürzerer Zeit. Die rasante Entwicklung des Next Generation Sequencing führt allerdings zu einer Datenflut, die sich mit aktuellen Rechnersystemen kaum noch effizient und zeitnah auswerten lässt. Die Nutzung von Hochleistungsrechnern (High Performance Computer, HPC) ist deshalb unabdingbar. Durch Anpassung der Algorithmen zur ‚Assemblierung’ und zum ‚Mapping’ der NGS-Daten an die HPC-Hardwarearchitektur eröffnet NGSgoesHPC neue Möglichkeiten für eine bessere und schnellere Datenanalyse. Im Rahmen des Projekts sollen außerdem bessere Methoden zur Darstellung und Aufbereitung der NGS-Ergebnisse erarbeitet werden.
„Wir freuen uns sehr, an diesem zukunftsweisenden Projekt mitarbeiten zu können und vertreten dabei die Sicht des Anwenders“, erklärte Dr. Karsten R. Heidtke, Leiter der Bioinformatik bei ATLAS Biolabs. „Wir engagieren uns bei der Definition der Anforderungen und der Rahmenbedingungen für die Algorithmen, die optimiert werden sollen. Außerdem steuern wir unser Wissen um die Kundenanforderungen bei der Visualisierung und Auswertung der NGS-Daten bei.“ ATLAS Biolabs beteiligt sich darüber hinaus an der Evaluation und den Tests der neu entwickelten Software sowie ihrer Einbindung in die hochskalierende Open-Source-Programmbibliothek, die im Rahmen des Vorhabens entstehen soll.
Das Verbundvorhaben NGSgoesHPC
NGSgoesHPC wird unter dem Förderkennzeichen 01IH11003F für drei Jahre vom Bundesministerium für Bildung und Forschung und Technik (BMBF) gefördert. Das Projekt beschäftigt sich mit der Übertragung kritischer Anwendungen und Kernalgorithmen des Next Generation Sequencing auf moderne Hochleistungscomputer. Zu den Projektpartnern zählen neben der ATLAS Biolabs GmbH die Bull GmbH, Köln; das Forschungszentrum Jülich GmbH; das Max-Planck-Institut für Biologie des Alterns in Köln; die Technische Universität Dresden mit dem biotechnologischen Zentrum (BIOTEC), der Deep Sequencing Group und dem Zentrum für Informationsdienste & Hochleistungsrechnen (ZIH); die Universität Köln mit dem regionalen Rechenzentrum (RRZK) und dem Cologne Center for Genomics (CCG); die DataDirect Networks GmbH in Freiburg und das ExaCluster Labor der Intel GmbH in Jülich.
Meistgelesene News
Diese Produkte könnten Sie interessieren
Limsophy LIMS von AAC Infotray
Optimieren Sie Ihre Laborprozesse mit Limsophy LIMS
Nahtlose Integration und Prozessoptimierung in der Labordatenverwaltung
OMNIS von Metrohm
OMNIS – die Plattform zur Integration der Metrohm Titrando Gerätegeneration
OMNIS ermöglicht die Kombination von Bestandskomponenten mit neuester OMNIS Hard- und Software
LAUDA.LIVE von LAUDA
LAUDA.LIVE - Die digitale Plattform für Ihre Geräteverwaltung
Viefältige Flottenmanagementoptionen für jedes LAUDA Gerät - mit und ohne IoT-Anbindung
Holen Sie sich die Analytik- und Labortechnik-Branche in Ihren Posteingang
Ab sofort nichts mehr verpassen: Unser Newsletter für Analytik und Labortechnik bringt Sie jeden Dienstag auf den neuesten Stand. Aktuelle Branchen-News, Produkt-Highlights und Innovationen - kompakt und verständlich in Ihrem Posteingang. Von uns recherchiert, damit Sie es nicht tun müssen.