Proteine komplexer Proben bestimmen
Hilfe von Bioinformatik-Spezialisten
Forscher aus Medizin oder Biologie, die in ihren Arbeiten die Proteine komplexer Proben bestimmen, können jetzt auf methodische Hilfe aus der RUB setzen. Erfahrene Bioinformatik-Experten des Medizinischen Proteom-Centers der Ruhr-Universität um PD Dr. Martin Eisenacher sind Teil des neuen Netzwerks de.NBI (Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur) unter Koordination der Universität Bielefeld, das mit mehr als 22 Millionen Euro durch das Bundesministerium für Bildung und Forschung gefördert wird. Sie stellen unter anderem Software zum Herunterladen bereit, bieten Schulungen an und stehen Kollegen beratend zur Seite.
Proteine gesunder und kranker Zellen vergleichen
Proteine sind die Werkzeuge der Zelle, die vielfältige Aufgaben versehen. Bei bestimmten Erkrankungen wie etwa Alzheimer oder Parkinson sind die Proteine auf bestimmte Art und Weise verändert. „Diese Erkrankungen werden heute oft erst diagnostiziert, wenn sie schon weit fortgeschritten sind. Die Hoffnungen der Medizin beruhen darauf, die Proteinveränderungen so früh aufzuspüren, dass man den Krankheitsverlauf positiv beeinflussen kann“, erklärt Martin Eisenacher. Es geht den Proteinforschern also um den Vergleich zwischen den Proteinen gesunder und kranker Zellen.
Riesige Datenmengen interpretieren
Dieser Vergleich basiert auf der Methode der Massenspektrometrie, die sehr große Datenmengen erzeugt, welche interpretiert und ausgewertet werden müssen. „Unsere methodischen Arbeiten haben verschiedene Softwarelösungen dafür hervorgebracht, die wir dank de.NBI jetzt für alle interessierten Kolleginnen und Kollegen aus Wissenschaft und Industrie zugänglich machen“, so der Bioinformatiker. Mit den Projektmitteln konnten die Forscher nicht nur ihren Speicherplatz erweitern, sondern auch fünf Wissenschaftler einstellen, die künftig beraten und unterstützen werden.
Standards entwickeln, Schulungen anbieten, Qualitätssicherung
Ziele des Projekts sind außerdem eine Datenstandardisierung zwecks Austausch von Informationen sowie Schulungsangebote wie Kurse und Tutorials. Außerdem ist geplant, die bestehenden Tools an Benutzerwünsche anzupassen. Ein Bewertungssystem soll helfen, die Qualität der verschiedenen Softwareangebote zu bewerten. Insgesamt sind acht Zentren mit 23 Partnern im Netzwerk zusammengeschlossen. Die Nutzung des Angebots ist für Interessenten zunächst kostenfrei.
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