Die Suche nach Ariadne, Barbie und Superman gelingt mit modernsten bioinformatischen Methoden

Dresdner Bioinformatikergruppe gewinnt internationalen Wettbewerb in Madrid

30.04.2007

Was haben Ken und Barbie, Superman, Groucho und Ariadne gemeinsam? Es handelt sich bei allen um Namen von Genen, denen gemeinsam ist, dass sie oft unter mehreren Namen bekannt sind. Gen-Namen und deren Interaktionen in Texten automatisch zu identifizieren, ist eine ernste Herausforderung für Wissenschaftler und die pharmazeutische Industrie.

Auf der Fachkonferenz für Bioinformatik und Textanalyse "BioCreAtIvE" kam eine weltweite Forschergemeinschaft zusammen. Hier wurden die neuesten Lösungsansätze für Suchtechnologien in den Lebenswissenschaften im direkten Wettbewerb miteinander verglichen. Dabei hat die Gruppe von Michael Schroeder, Professor für Bioinformatik am BIOTEC der TU Dresden, in der Disziplin "Genidentifikation" teilgenommen. Dr. Jörg Hakenberg, aus der Gruppe von Professor Michael Schroeder, berichtet: "Die harte Arbeit der letzten Monate hat sich ausgezahlt: Wir haben eine Goldmedaille geholt."

Warum ist eine solche Suchmaschine wie die von der Arbeitsgruppe Schroeder entwickelte so wichtig? Einige Gene, wie Ariadne oder Barbie haben mehrere Namen und andere Namen von Genen bezeichnen unterschiedliche Gene. Alles in allem ein begrifflicher Dschungel. Das Problem multipliziert sich dadurch, dass täglich über 2.000 neue wissenschaftliche Artikel in der Biomedizin erscheinen und dass moderne experimentelle Methoden die Analyse von Tausenden von Genen automatisch bewerkstelligen, die Resultate aber per Hand ausgewertet werden müssen. Jörg Heinrich, Leiter der Forschungsabteilung der Dresdener Resprotect GmbH, die an Wirkstoffen gegen Krebs arbeitet, rechnet vor, dass es zwischen 1.000 interessanten Genen theoretisch Millionen von Beziehungen geben kann.

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